knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027085.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01532

4 Motif M00713

5 Motif M00451

6 Motif M01620

7 Motif M01122

8 Motif M01303

9 Motif M00084

10 Motif M01175

11 Motif M01118

12 Motif PBM0162

13 Motif PBM0145

14 Motif M00001

15 Motif M01610

16 Motif MA0018.2

17 Motif M00338

18 Motif M00041

19 Motif M00244

20 Motif M00797

21 Motif M01182

22 Motif M01933

23 Motif M00491

24 Motif M01838

25 Motif M01818

26 Motif M00615

27 Motif PBM0023

28 Motif M01550

29 Motif M01700

30 Motif M01113

31 Motif PBM0198

32 Motif PBM0181

33 Motif M00434

34 Motif M00237

35 Motif MA0100.1

36 Motif M00428

37 Motif M01096

38 Motif M00986

39 Motif M01639

40 Motif M01241

41 Motif M00108

42 Motif M00706

43 Motif M01636

44 Motif M01629

45 Motif PBM0126

46 Motif PBM0103

47 Motif PBM0132

48 Motif PBM0135

49 Motif M01167

50 Motif M01940

51 Motif M01944

52 Motif M00235

53 Motif M01104

54 Motif M00654

55 Motif PBM0027

56 Motif M01559

57 Motif M01509

58 Motif M00008

59 Motif M01002

60 Motif M00049

61 Motif M00649

62 Motif M01597

63 Motif PBM0191

64 Motif PBM0176

65 Motif M00976

66 Motif M01220

67 Motif M01617

68 Motif M01924

69 Motif M00644

70 Motif M00712

71 Motif PBM0131

72 Motif PBM0115

73 Motif PBM0130

74 Motif PBM0129

75 Motif PBM0128

76 Motif PBM0101

77 Motif M02038

78 Motif M02037

79 Motif M01992

80 Motif M01987

81 Motif M00032

82 Motif M01990

83 Motif M00262

84 Motif M01660

85 Motif MA0048.1

86 Motif M01983

87 Motif M01114

88 Motif M00940

89 Motif M00939

90 Motif M01492

91 Motif M00263

92 Motif M01951

93 Motif M01843

94 Motif M00068

95 Motif M00920

96 Motif M00516

97 Motif M01649

98 Motif M01635

99 Motif M01577

100 Motif M01512

101 Motif M01219

102 Motif M01513

103 Motif M00973

104 Motif M01068

105 Motif M01251

106 Motif M00307

107 Motif M01634

108 Motif M00345

109 Motif MA0003.1

110 Motif M00470

111 Motif M00469

112 Motif M01948

113 Motif M01050

114 Motif M01544

115 Motif M01852

116 Motif M01839

117 Motif M00322

118 Motif M00982

119 Motif M00243

120 Motif MA0061.1

121 Motif M00054

122 Motif M01947

123 Motif M01648

124 Motif M01903

125 Motif M00697

126 Motif M00694

127 Motif M00916

128 Motif M00036

129 Motif M01862

130 Motif M01820

131 Motif M00917

132 Motif M00691

133 Motif M00513

134 Motif M00113

135 Motif M00017

136 Motif M01863

137 Motif M01187

138 Motif M01186

139 Motif M00179

140 Motif M00178

141 Motif M01861

142 Motif M00981

143 Motif M00946

144 Motif M00944

145 Motif M00375

146 Motif M00039

147 Motif M01812

148 Motif M00514

149 Motif M00121

150 Motif M00369

151 Motif M01584

152 Motif PBM0089

153 Motif M00236

154 Motif MA0104.2

155 Motif MA0093.1

156 Motif M00799

157 Motif M01699

158 Motif MA0024.1

159 Motif M00739

160 Motif M00738

161 Motif M00737

162 Motif M00736

163 Motif M00050

164 Motif M00788

165 Motif M00426

166 Motif M00936

167 Motif M00376

168 Motif MA0119.1

169 Motif M01196

170 Motif M00740

171 Motif M00466

172 Motif M01517

173 Motif MA0076.1

174 Motif M00431

175 Motif M00427

176 Motif M01587

177 Motif MA0057.1

178 Motif M00070

179 Motif M00918

180 Motif M01925

181 Motif MA0088.1

182 Motif M00425

183 Motif M00492

184 Motif PBM0172

185 Motif PBM0171

186 Motif M01959

187 Motif M01643

188 Motif M01816

189 Motif M01558

190 Motif M02036

191 Motif M00069

192 Motif MA0117.1

193 Motif M00404

194 Motif MA0055.1

195 Motif M01302

196 Motif M00182

197 Motif M01793

198 Motif M01917

199 Motif PBM0013

200 Motif PBM0200

201 Motif M00985

202 Motif M00796

203 Motif M00945

204 Motif M00371

205 Motif M00370

206 Motif M00220

207 Motif M00660

208 Motif M01673

209 Motif M01742

210 Motif M01243

211 Motif M00652

212 Motif M01057

213 Motif M01681

214 Motif M01035

215 Motif M01752

216 Motif M00175

217 Motif M01625

218 Motif M00698

219 Motif M01687

220 Motif M01815

221 Motif M01256

222 Motif M00325

223 Motif M00256

224 Motif M01028

225 Motif MA0139.1

226 Motif M01259

227 Motif M01200

228 Motif M00512

229 Motif M01911

230 Motif M00687

231 Motif M01070

232 Motif M01641

233 Motif M00245

234 Motif M00435

235 Motif M00064

236 Motif M00014

237 Motif M01642

238 Motif M01916

239 Motif M01613

240 Motif PBM0060

241 Motif M00730

242 Motif M00007

243 Motif MA0007.1

244 Motif M00171

245 Motif M01744

246 Motif M00666

247 Motif M00651

248 Motif PBM0099

249 Motif M01571

250 Motif M01837

251 Motif M01608

252 Motif M01567

253 Motif M00024

254 Motif M00919

255 Motif PBM0031

256 Motif M01548

257 Motif M01511

258 Motif M00281

259 Motif M00279

260 Motif M00361

261 Motif M01124

262 Motif M01768

263 Motif M00679

264 Motif M01298

265 Motif M01938

266 Motif M00806

267 Motif PBM0047

268 Motif M01909

269 Motif MA0150.1

270 Motif M00927

271 Motif M00727

272 Motif M00693

273 Motif PBM0067

274 Motif M00193

275 Motif PBM0156

276 Motif PBM0140

277 Motif M01436

278 Motif M00496

279 Motif MA0138.2

280 Motif M01927

281 Motif M00394

282 Motif M00396

283 Motif M01054

284 Motif M01646

285 Motif M01840

286 Motif M00104

287 Motif M01116

288 Motif PBM0173

289 Motif PBM0142

290 Motif M01181

291 Motif M01960

292 Motif M01162

293 Motif M01662

294 Motif M01111

295 Motif M00490

296 Motif M00398

297 Motif M00210

298 Motif M01946

299 Motif M00280

300 Motif M00626

301 Motif M01598

302 Motif M01477

303 Motif M01335

304 Motif M01367

305 Motif PBM0134

306 Motif M01779

307 Motif M00983

308 Motif M01376

309 Motif M00616

310 Motif M00065

311 Motif MA0091.1

312 Motif MA0058.1

313 Motif M01910

314 Motif M01695

315 Motif M00930

316 Motif M00795

317 Motif M01306

318 Motif MA0140.1

319 Motif M00292

320 Motif M00746

321 Motif PBM0133

322 Motif M01737