knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
##
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, union
Load data
data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027085.bed.gz', sep = '\t', header = F)
v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)
Include all motifs
ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
data.sub <- data[data$motif == i, ]
cat('\n')
cat("#", paste('Motif', i), "\n")
# cat("\n")
print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
# cat("\n")
cat("\n")
}
Motif M01532

Motif M00713

Motif M00451

Motif M01620

Motif M01122

Motif M01303

Motif M00084

Motif M01175

Motif M01118

Motif PBM0162

Motif PBM0145

Motif M00001

Motif M01610

Motif MA0018.2

Motif M00338

Motif M00041

Motif M00244

Motif M00797

Motif M01182

Motif M01933

Motif M00491

Motif M01838

Motif M01818

Motif M00615

Motif PBM0023

Motif M01550

Motif M01700

Motif M01113

Motif PBM0198

Motif PBM0181

Motif M00434

Motif M00237

Motif MA0100.1

Motif M00428

Motif M01096

Motif M00986

Motif M01639

Motif M01241

Motif M00108

Motif M00706

Motif M01636

Motif M01629

Motif PBM0126

Motif PBM0103

Motif PBM0132

Motif PBM0135

Motif M01167

Motif M01940

Motif M01944

Motif M00235

Motif M01104

Motif M00654

Motif PBM0027

Motif M01559

Motif M01509

Motif M00008

Motif M01002

Motif M00049

Motif M00649

Motif M01597

Motif PBM0191

Motif PBM0176

Motif M00976

Motif M01220

Motif M01617

Motif M01924

Motif M00644

Motif M00712

Motif PBM0131

Motif PBM0115

Motif PBM0130

Motif PBM0129

Motif PBM0128

Motif PBM0101

Motif M02038

Motif M02037

Motif M01992

Motif M01987

Motif M00032

Motif M01990

Motif M00262

Motif M01660

Motif MA0048.1

Motif M01983

Motif M01114

Motif M00940

Motif M00939

Motif M01492

Motif M00263

Motif M01951

Motif M01843

Motif M00068

Motif M00920

Motif M00516

Motif M01649

Motif M01635

Motif M01577

Motif M01512

Motif M01219

Motif M01513

Motif M00973

Motif M01068

Motif M01251

Motif M00307

Motif M01634

Motif M00345

Motif MA0003.1

Motif M00470

Motif M00469

Motif M01948

Motif M01050

Motif M01544

Motif M01852

Motif M01839

Motif M00322

Motif M00982

Motif M00243

Motif MA0061.1

Motif M00054

Motif M01947

Motif M01648

Motif M01903

Motif M00697

Motif M00694

Motif M00916

Motif M00036

Motif M01862

Motif M01820

Motif M00917

Motif M00691

Motif M00513

Motif M00113

Motif M00017

Motif M01863

Motif M01187

Motif M01186

Motif M00179

Motif M00178

Motif M01861

Motif M00981

Motif M00946

Motif M00944

Motif M00375

Motif M00039

Motif M01812

Motif M00514

Motif M00121

Motif M00369

Motif M01584

Motif PBM0089

Motif M00236

Motif MA0104.2

Motif MA0093.1

Motif M00799

Motif M01699

Motif MA0024.1

Motif M00739

Motif M00738

Motif M00737

Motif M00736

Motif M00050

Motif M00788

Motif M00426

Motif M00936

Motif M00376

Motif MA0119.1

Motif M01196

Motif M00740

Motif M00466

Motif M01517

Motif MA0076.1

Motif M00431

Motif M00427

Motif M01587

Motif MA0057.1

Motif M00070

Motif M00918

Motif M01925

Motif MA0088.1

Motif M00425

Motif M00492

Motif PBM0172

Motif PBM0171

Motif M01959

Motif M01643

Motif M01816

Motif M01558

Motif M02036

Motif M00069

Motif MA0117.1

Motif M00404

Motif MA0055.1

Motif M01302

Motif M00182

Motif M01793

Motif M01917

Motif PBM0013

Motif PBM0200

Motif M00985

Motif M00796

Motif M00945

Motif M00371

Motif M00370

Motif M00220

Motif M00660

Motif M01673

Motif M01742

Motif M01243

Motif M00652

Motif M01057

Motif M01681

Motif M01035

Motif M01752

Motif M00175

Motif M01625

Motif M00698

Motif M01687

Motif M01815

Motif M01256

Motif M00325

Motif M00256

Motif M01028

Motif MA0139.1

Motif M01259

Motif M01200

Motif M00512

Motif M01911

Motif M00687

Motif M01070

Motif M01641

Motif M00245

Motif M00435

Motif M00064

Motif M00014

Motif M01642

Motif M01916

Motif M01613

Motif PBM0060

Motif M00730

Motif M00007

Motif MA0007.1

Motif M00171

Motif M01744

Motif M00666

Motif M00651

Motif PBM0099

Motif M01571

Motif M01837

Motif M01608

Motif M01567

Motif M00024

Motif M00919

Motif PBM0031

Motif M01548

Motif M01511

Motif M00281

Motif M00279

Motif M00361

Motif M01124

Motif M01768

Motif M00679

Motif M01298

Motif M01938

Motif M00806

Motif PBM0047

Motif M01909

Motif MA0150.1

Motif M00927

Motif M00727

Motif M00693

Motif PBM0067

Motif M00193

Motif PBM0156

Motif PBM0140

Motif M01436

Motif M00496

Motif MA0138.2

Motif M01927

Motif M00394

Motif M00396

Motif M01054

Motif M01646

Motif M01840

Motif M00104

Motif M01116

Motif PBM0173

Motif PBM0142

Motif M01181

Motif M01960

Motif M01162

Motif M01662

Motif M01111

Motif M00490

Motif M00398

Motif M00210

Motif M01946

Motif M00280

Motif M00626

Motif M01598

Motif M01477

Motif M01335

Motif M01367

Motif PBM0134

Motif M01779

Motif M00983

Motif M01376

Motif M00616

Motif M00065

Motif MA0091.1

Motif MA0058.1

Motif M01910

Motif M01695

Motif M00930

Motif M00795

Motif M01306

Motif MA0140.1

Motif M00292

Motif M00746

Motif PBM0133

Motif M01737
